爱德华和阿尔冯斯兄弟二人，为了找回失去的一切，在旅途中寻找贤者之石，揭示世界的真相。
吊车尾的忍者漩涡鸣人，以成为火影为目标，在伙伴们的陪伴下不断成长，守护木叶村。
拥有特殊体质的少女羽鸟智世，被魔法使艾利亚斯买下，成为他的弟子兼新娘，共同探索魔法世界。